참여연대가 천안함 침몰사건 조사결과에 대하여 의혹을 제기하는 서한을 유엔에 보낸 것에 대하여 한나라당은 국격을 추락 시키고 국제적 망신을 자초한 일이라며 참여연대를 종북세력이라고 비판하며 참여연대를 옹호하는 민주당을 향해 반국가적 단체를 감싸고 도는 이유가 무엇인지 명확하게 밝히라고 요구했다.

16일 국회에서 열린 한나라당 원내대책회의 에서 김무성 원내대표는 "언제까지 정부 발표에 의혹을 제기하며 국론분열을 야기하고 국제사회에서 망신을 자초한 참여연대는 대체 어느나라 사람들인지 묻고싶다"라고 말하며 이런 행위가 반국가적 행위가 아니라면 도데체 어떤 행위가 반국가적 행위인지 정말 답답 하다고 말하며 참여연대를 옹호하고 나서는 민주당에 대해 불만을 드러냈다.

김원내대표는 "피 끓는 심정으로 자식을 떠나 보낸 유가족을 생각 한다면 그래서는 안된다"라고 말하며 천안함이 북한의 공격으로 침몰된 것이 사실인데도 사실이 아닌 것처럼 왜곡하는 것은 도저히 용납이 되지 않는다며 야당을 싸잡아 비난했다.

한편 김원내대표는 "한나라당에서 만든 북한의 천안함에 대한 군사도발및 대응조치결의안의 초안을 각당에 전달하며 빠른 시일안에 대북규탄 결의안이 국회에서 채택되어야 한다"고 밝히며 가능한 한 전 국회읜원의 이름으로 채택 되어야 한다고 촉구했다.

민주당,민주노동당등 야당은 참여연대가 유엔에 서한을 보낸 것은 정부가 철저한 조사를 하지 못한 결과라며 참여연대를 옹호하고 나서 정치권의 공방이 가열될 것으로 보여진다.